年（天启七年）岁四月七rì，袁崇焕失节为魏忠贤请立生祠：5、六月间，袁崇焕获得所谓“宁锦大捷”。七月，袁崇焕因严峻军事失误被罢回籍。月，熹宗崩，思宗立，年号崇祯。十一月，肃除魏忠贤党，定逆案，东林党死难者获得昭雪。承宗倍感欢乐鼓励。
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天启五年（年）魏忠贤派寺人刘应坤到山海关，以帑金十万两犒军，为承宗所鄙夷.。同年代，柳河之败，导致了孙承宗的离职。山海关总兵马世龙，误信自后金逃归的“降虏生员”刘伯镪的话，派兵渡柳河，剿袭耀州，中伏遭败。阉党借口马世龙丧失马匹六百七十匹、甲胄等军用物质，围攻马世龙，并参劾孙承宗。孙承宗气极，连上二疏，自请罢官。玄月，返乡。
崇祯九年，金兵又从西线入关，退休在故乡江村讲学的鹿善继入定兴县城御敌，城破捐躯。孙承宗前去哭灵，祭奠忠魂。
登莱巡抚袁可立与孙承宗同为天启二年殿试同考官，共同主辽期间满人蜷伏。孙承宗将辽海防务委之于袁可立，非常倚重。他说道：“读后先大疏，皎皎揭rì月，行中天而底里洞彻，殊令人可味，可展布四体，仰酬国恩”（孙承宗《高阳集?答袁节寰登抚》）。别的，还要抚辽西、恤辽民、简京军等，都获得了明熹宗的批准。
年（万历四十三年）岁蒲月，产生“廷击”案，大学士吴道南向承宗问计，承宗主张“不成不问，不成深问”，停歇此案。
年（万历二十九年）岁赴易州插手学使考核，见义勇为挽救被隶卒窘辱的儒童，并与孙奇逢了解，遂成为毕生之友。
年（天启元年）岁三月，充经筵讲官、两朝实录副总裁，再升少詹事兼翰林院侍读学士。后金攻陷沈阳、辽阳，经略袁应泰他杀。四月，九卿会推兵部侍郎兼管经筵。又合荐为兵部尚书，皇上不准。六月，朝廷再次任命熊廷弼为辽东经略。玄月，四川永宁宣抚使奢崇明叛，占据 qì。十一月，第七子孙出世。
年（万历九年）岁仲春，母亲张氏夫人卒。
4年（崇祯七年）岁将《督师纪略》、《后督师纪略》编次，付梓。马世龙死，撰诗文乃至哀。为鹿善继《当真草》撰序。
在关门防务上，“并夹城之役，构筑关城，南防海口，北防角山。水则从望海台出芝麻湾，三面环海，安大炮为横击。陆则三道关之石城，可顿万人，开突门力夜击。北水关外，有峻岭筑号台十一，置炮以防外瞰”。经五个月的暗澹运营，稳定了关门局势，并为规复辽西失地，巩固了根底。
年（万历二十七年）岁赴大同为巡抚房守士课授后辈。帮忙房守士停歇一场兵士叛变。蒲月，三子孙钤出世。
起首大力清算了关门防务。“是时，关上兵名七万，顾无规律，冒饷多。承宗大阅，汰逃将数百人，遣还河南、真定疲兵万余。”“乃定兵制，立营房，五人一房，三千一营，十五营为三部，而将帅以营部为署。兵不离将，将不离帅，教肄分而考核便。”颠末清算，使“兵将一清”，进步了关门守军的战役力。
年（万历十三年）岁到保定谒杨忠愍公继盛祠。十仲春，宗子孙铨出世。
年（天启三年）岁仲春，率诸将出巡至宁远。三月，派诸将出驻关外，慢慢以军马填实关外重镇。玄月，茅元仪到关。承宗率茅元仪及诸将幕僚出巡宁远，决定重筑宁远城，并命袁崇焕、满桂驻守宁远。登莱巡抚袁可立策反后金总兵刘兴祚（刘爱塔），并令沈有容、毛文龙从海上出兵策应。十仲春，熹宗天子命魏忠贤总督东厂。