锦衣卫和凤阳驻军产生抵触，震惊了全部江南，使得江南的官僚士绅百姓，不得不正视田承嗣的存在，忽视田承嗣的锦衣卫，会带来不成设想的结果，田承嗣把此次行动，说成是锦衣卫和凤阳驻军耐久摩擦形成的恶果，惊呆了的南京官员们，第一次没有使出文人的大吵大闹，而是一起抱团筹议如何对于田承嗣。
大顺军撤入山西今后，清军停止了追击。返回北京歇息清算，所占处所不过是京师四周一带，李自成却同刘宗敏等初级文官武将带领主力持续西撤，于六月初度过黄河返回西安，固然他在固关留下了大将马重禧，在大同、阳和留下了制将军张天琳，在晋东南长治留下了大将刘忠，路过太原时留下姜瑄、姜有光守御，在晋西北保德留下了降将唐通，晋南临汾又有绵侯袁宗第统兵八万人屯于挂甲庄。
山海关一片石一战，大顺军丧失数万人，大将刘宗敏也负了伤，李自成命令大顺军缓慢撤退，因为对吴三桂的勾引清兵叛变讹诈极其悔恨，行至永平府范家店时，李自成决定将吴襄处斩，四月二十七日，李自成从德胜门入东华门，又杀吴三桂家眷三十四口，唯独舍不得杀藏在宫里的陈圆圆。
南京（金陵城）六部等初级官员固然获得了北京沦陷的动静，却因为对崇祯天子和他三个儿子的下落不明，他们不敢轻举妄动因而周到封闭动静，金陵城在明朝初年是帝国的都城，永乐年间迁都北京今后，南京作为留都一向保存了六部、都察院等一整套与北京相对应的中心机构.这类两京轨制的特性是：天子和内阁大学士等决策人物都在北京，北京的六部等衙门是名副实在的中心权力机构，南京各衙门多为虚衔，公事安逸任职官员被称为“吏隐”，但职位普通不低于北京相对应的衙门官员，在留都握有实权的是南京参赞机务兵部尚书、南京守备寺人和提督南京军务勋臣。
在籍礼部侍郎钱谦益被视为东林党魁他两次从客籍常熟赶往南京以“立贤”为名到处游说，发起迎立潞王朱常淓，支撑钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高鸿图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等人，具有举足轻重的南京兵部尚书史可法也偏向于东林党的人物，贰内心里对拥立福王有所顾忌，但又以为应当按伦序迎立神宗的子孙。
朱媺娖也病得很重，并且对监国一事并不很主动，田承嗣在朝廷里就是一个孤家寡人，连阮大铖都躲着不肯意见面，此次田承嗣要面对不但仅是东林党，而是整江南的官僚士绅，谁叫田承嗣要逆天而行呢！
江南士绅中有部分东林党人，因为朱由崧的祖母是备受神宗宠嬖的郑贵妃，从万历到天启朝廷上环绕着储君题目展开的“妖书”、“梃击”、“移宫”等斗争，使得神宗和郑贵妃但愿立福王朱常洵(即朱由崧的父亲)为太子的图谋才化为泡影，他们担忧一旦朱由崧登上帝位重翻旧，本身在政治大将会失势，激烈反对由福藩继统。
蒲月二日，北都城里的官名流民并不清楚吴三桂已经投降清朝，纷繁传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位是以筹办了天子的卤簿法驾出城驱逐，原明官吏立崇祯牌位于午门哭临，并忙备车驾仪仗出朝阳门驱逐太子，不久稀有万马队到来，臣民俯视，倒是清摄政王多尔衮，正在惊诧间，清兵已大队入城，次日，故明官吏们决定改换门庭，上表劝进多尔衮为帝，劝进表固然没有被多尔衮接管，但多尔衮看到明官吏肯忠顺清朝，因而着意皋牢和留用明朝大小官僚。