六月戊辰，浙江海溢。戊寅，命抚、按官，有司贤否一体荐劾，不得侧重甲科。
八月乙巳，兵部右侍郎宋应昌经略备倭军务。己酉，诏天下督抚举将材。
夏四月丁酉，振山西被灾州县。乙卯，振苏、松、淮、凤、徐、宿灾。户部进《万历管帐录》。
是年，安南、乌斯藏入贡。
■二十四年春仲春戊申，麻贵袭河套部，败之。
八月己巳，振山西灾。庚午，振淮、扬、徐水患。
玄月丙戌，奉两宫皇太后如天寿山谒陵。己丑，作寿宫。辛卯，还宫。
冬十月乙亥，振徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水患，蠲租有差。
●■●万历元年春仲春癸丑，御经筵。
是年，裁各省冗官，核徭赋，汰诸司冒滥冗费。琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
三月乙未，赐朱之蕃等进士落第、出身有差。
冬十月丙寅，礼部主事卢洪春以疏请谨疾，杖阙下，削籍。
夏四月丙申，享太庙。是后庙祀皆遣代。
是年，安南、乌斯藏入贡。
仲春戊寅，祀大社大稷。辛巳，诏南京职务清简，官不必备。丙申，始命日讲官分直记注起居，纂缉章奏，临朝侍班。
蒲月庚子，淮、扬大水，诏察二府有司，贪酷老疾者罢之。
六月乙卯朔，日有食之。甲子，即天子位。以来岁为万历元年，诏赦天下。祀建文朝尽节诸臣于乡，有苗裔者恤录。庚午，罢高拱。丁丑，高仪卒。壬午，礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士，预机务。
■二十年春正月丙戌，给事中孟养浩以言建储杖阙下，削籍。
秋七月丁卯，吏部尚书孙丕扬请推补官员章疏，不报。戊寅，仁圣皇太后崩。乙酉，始遣中官开矿于畿内。未几，河南、山东、山西、浙江、陕西悉令开采，以中官领之。群臣屡谏不听。
蒲月辛丑，穆宗神主祔太庙。
六月癸未，松茂番平。是夏，振直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥。山西盗起。
玄月庚午，诏姑苏诸府开开荒田，六年后起科。辛未，停刑。
是年，安南、琉球、暹罗、土鲁番入贡。
夏蒲月丁酉，京师地动，敕修省。
■十二年春仲春丁卯，京师地动。己巳，释建文诸臣外亲谪戍者后嗣。
秋七月癸丑，召援朝鲜诸边镇兵还。乙卯，慧星见，敕修省。
秋八月丁未，扬州大水。
■九年春正月庚午，敕边臣备警。辛未，裁诸司冗官。癸酉，土蛮犯锦州，游击周之望败没。己卯，命翰林官日四人入直。辛巳，裁南京冗官。甲申，辽东总兵官李成梁袭败土蛮于袄郎兔。
夏蒲月癸亥，祀地于北郊。
十一月戊辰，御午门，受宁夏俘。
六月辛亥，以云南用兵，免税粮及逋赋。
玄月丁亥，停刑。
●■●隆庆二年，立为皇太子，时方六岁。性岐嶷，穆宗尝驰马宫中，谏曰：“陛下天下主，独骑而骋，宁无衔橛忧。”穆宗喜，上马劳之。陈皇后病居别宫，每晨随贵妃候起居。后闻履声辄喜，为强起。取经籍问之，无不响答，贵妃亦喜。由是两宫益和。
是年，乌斯藏入贡。
秋八月壬寅，严匿名揭之禁。
玄月己未，停刑。庚申，如天寿山阅寿宫。甲子，次石景山观浑河。乙丑，还宫。庚午，甘肃兵变，巡抚都御史曹子登罢。是月，青海部长他不囊犯西宁，杀副将李魁。