最早被占据的就是爪哇岛上最大的都会，巴达维亚。这座东南亚最大的都会是由荷兰人在17世纪建立的，修建这座都会的石料不部分是从印度科罗曼德尔海岸石料场运来的，而木料则是从爪哇东部砍来的柚木，在加上在本地取材，由华人烧制了大量的砖才，颠末13年的修建，才慢慢完工。在当时修建巴达维亚城的劳工步队中，就呈现了华人包工队，当时的荷兰总督安东尼.范.迪门把都会下水、港口修建、城墙、防备要塞和部分房屋的扶植都承包给了多支华野生程队，并且对华人烧制砖瓦和砌砖的工艺大卫赞美。
因为美国大选即将开端，在选前的多次摹拟中，共和党候选人的支撑率都较着高于民主党，以是威尔逊当局也没心机再在这场已经失利的战役中和联邦当局还价还价了，仓促忙忙签订了和谈商定，就把精力投入到了海内的推举中去了。
在获得总统批准以后，联邦水兵和陆军各自抽调了一部分舰艇和军队，构成了一只特别登岸军队，归外务部和军情局两重带领，开端了对爪哇岛的部分占据。
固然爪哇岛临时没法开辟操纵，不过也不是毫无用处，联邦当局在打算中，将在岛南部的芝拉扎建立一座军事基地，并且在巴达维亚和泗水，修建2座军用机场，如许一来，联邦的水兵和空军，在对南部的防备和监控上，就多了一个首要支点，联邦水兵的手，也便能够伸的更长了。
这里曾经是荷兰东印度公司的总部，也是东南亚地区贸易最为发财的港口都会，不过，现在这里成了一座鬼城。跟着疫情的减轻，都会中的人要不抱病而亡，要不逃出港口被联邦水兵击沉，丧生大海，要不逃入了深山去遁藏疾病和饥荒，现在的巴达维亚城，已经好久没有人的踪迹了，到处是倾圮的房屋和失火后的残迹，各种小型植物把这里当作了故里。
此次插手登岸的军队，全数设备了防化服和呼吸过滤器，并且为了对付这些杂草丛生、骸骨各处的都会废墟，还特地设备了大量的火焰放射器。有了这类粉碎利器，不管是骸骨、杂草、残屋断檩，不消破钞过量的精力去清算，火焰放射器一顿喷，除了石头，啥都没了，既节流体力，还安然、卫生、可靠。
为了进一步肯定爪哇岛上的疫情，联邦当局没有急于登上爪哇岛，而是加大了登岛的防化军队的数量和频次，在颠末端半年摆布的察看和确认以后，才开端肯定了此次大范围耐久的细菌战的成果，并且由外务部草拟了一份陈述，呈交给了刘芾，并在陈述中申请降落爪哇岛的封闭级别，并建议总统，能够对爪哇岛停止开端占据并展开勘查活动，再进一步确认疫情的生长和结果。
因而，持续了近3年的对爪哇岛的海上封闭终究消弭了，而联邦当局也正式宣布，颠末联邦当局和本地群众的共同尽力，残虐在爪哇岛上的黑死病和饥荒终究被克服了，固然丧失惨痛，但是这充分表现了联邦当局对百姓的负任务的态度。不过，联邦当局也提示百姓，因为爪哇岛上的检疫事情还在持续停止，以是爪哇岛临时被划为军事禁区，除了持有国防部特别通行证以外，统统人等都不得进入爪哇岛，违者将遵循军事条例措置。