直至朝议结束后，曹丕分开议堂，特地引见程昱，向其扣问：“您仿佛言犹未尽？”程昱方才表示：“所谓‘能够自行下决定’的轨制，是指面对临时之急，需求尽速立定决策的时候，才气够实施的。现在反贼已经被贾信礼服，此事不会突发过分急剧的异变。是以老臣才不但愿将军急于自作主张，做出独裁的事情。”曹丕这才明白程昱的苦心，叹道：“程君真是考虑得非常殷勤啊！”他立即将河间叛变一事向曹操交代，曹操经居府长史国渊的进劝，公然命令不诛降者。曹操还都晓得来龙去脉后，非常高兴，向程昱说：“程卿不但止明于军事计略，亦长于措置别人父子之间的事情。”
建安八年（203年），程昱纠合一伙山间公众及逃亡之徒，得精兵数千人，因而引军与曹操会师黎阳，讨伐袁谭、袁尚。曹操使李典与程昱等以船运军粮。会和魏郡太守高蕃将兵屯河上，断绝水道，曹操对李典、程昱说：“若船不得过，下从陆道。”李典与诸将议曰：“蕃军少甲而恃水，有懒惰之心，击之必克。”程昱亦觉得然。遂北渡河破高蕃，水道得通。二袁破走后，程昱拜为奋武将军，封安国亭侯。
攻取荆州后，中原之地大抵安定，曹军权势逐步扩大。一次，曹操抚着程昱之背说道：“当初兖州之败，若非服从你的战略，我又怎能够来到这里呢？”程昱答道：“所谓‘满足不辱’（出自《品德经》第四十四章，指一小我只要晓得满足，就不会因为过份的贪婪而获得屈辱的结束），现在是我激流涌退的时候了。”因而正式表示今后缴还兵权，阖门不出。
建安四年（199年），曹操调派刘备至徐州截击袁术，程昱与郭嘉向曹操道：“明公前日不撤除刘备，现在更向他借兵，他必然会有异心的。”曹操悔怨，但已追之不及。公然，袁术病身后，刘备去到徐州，杀车胄，举兵背反曹操。
黄初元年（220年），曹丕代汉称帝，程昱复为卫尉，进封安乡侯，增邑三百户，并前共有八百户。分封少子程延及孙程晓为列侯。朝廷正欲以程昱为三公，程昱却在此时归天，曹丕亦为之流涕，追赠车骑将军，谥曰肃侯，寿八十。
程昱生性刚戾，与人多有反面。有人诬告程昱谋反，而曹操却对其赐待益厚。
曹操没有军粮的时候拿人肉给曹操供应军粮，是个狠角色。
建安五年（200年），程昱迁为振威将军。当时袁绍在黎阳将移兵南渡，而程昱却只要七百兵守着鄄城，曹操晓得危急，命人奉告程昱，欲加二千兵前去鄄城助守。程昱不肯接管，说道：“袁绍拥兵十万之众，自发得所向无前。他若见我领兵少，必不敢等闲来攻。但如果增加了我的兵士，过量则不成不攻，要攻之必克，只会两损其势。愿公不要思疑！”曹操从之。袁绍闻程昱兵少，公然不敢进兵。曹操闻其事，向贾诩道：“程昱的胆略，超越孟贲、夏育啊。”
程昱又遣别骑占住仓亭津，陈宫军不能得渡。程昱至东阿时，东阿令枣祗已经率吏民拒城死守。又有兖州处置薛悌与程昱协谋，终究守住三城，以待曹操。曹操偿还，执程昱之手道：“若非程卿之力，吾无所归矣。”因而表程昱为东平相，屯于范县。