1998―99：第一冠圣安东尼奥在这个缩水的赛季的第一个月中表示不佳。但一旦马刺队找到比赛的感受以后，就再没有人能反对他们第一次夺得nba总冠军的脚步了。在同纽约尼克队的第五场总决赛中，约翰逊在还剩下47秒时射中了跳投，帮忙球队获得了78比77的胜利，也使得球队举起了冠军奖杯。蒂姆-邓肯在这个系列赛中均匀每场拿到27.4分、14个篮板和2.2次盖帽，并被选为总决赛的mvp。
在这个赛季里，邓肯均匀每场获得21.1分（nba中排名第12），11.9个篮板（第3），2.51次盖帽（第6），并获得了最多的57次的两双。他被选入了nba全明星阵容，并毫无牵挂地摘得了年度最好新秀奖。
西部决赛，马刺迎来了最微弱的一个敌手――达拉斯小牛队。两队的比赛相称胶着，但在第二场较量中，小牛当家球星德克-诺维茨基在比赛中与马努-吉诺比利的一次相撞受伤，导致了前者随后三场比赛的缺阵。马刺顺利地4-2克服敌手，进级总决赛。总决赛敌手新泽西网队在东区决赛中以4：0横扫了底特律活塞队，坐看马刺苦战6局出线。而马刺队与网队的总决赛实在能够用“丑恶”来描述，马刺队有些漫不经心，始终保持着胜一场输一场的节拍，仿佛铁着心要在故乡球迷面前夺一回冠，邓肯永久不温不火，不知不觉持续拿下了14个两双！网队在马刺的戍守面前无所适从，主动权一向把握在马刺手中。马刺再次不出料想4：2克服了敌手，因而博得了球队汗青上第二个nba总冠军。邓肯加冕nba通例赛和总决赛双项mvp；大卫-罗宾逊带着总冠军戒指在圣安东尼奥告别了14年的nba生涯；老将史蒂夫-科尔终究能将一只手的5根手指都套满总冠军戒指了；威利斯、史女人、费里、帕克、吉诺比利、巴特尔等人也第一次亲手触摸到了奥布莱恩杯。
季后赛中，马刺还是状况炽热，4场横扫孟菲斯灰熊队。第二轮，马刺遭受“老朋友”洛杉矶湖人队。之前一年，马刺4比2淘汰湖人，让“ok”组合在斯台普斯球馆里大肆飙泪，同时也阻却了敌手四连霸的诡计。现在再度拍马叫阵，两边各有考虑――湖人想证明客岁只是个不测，而马刺想用一次连冠来镀一镀王朝的金身。总之，他们必须从敌手的身上踩踏畴昔。而罗伯特-霍里赛季前从湖人转投马刺；卡尔-马龙舍圣城而奔洛城，无疑为这组对决火上浇油。
马刺拿到了和湖人对决时的主场上风，他们的连胜势头在一上来的两个主场还得以持续，但是在洛城sbc中间却俄然没了手感，被马刺连扳两城。全部圣安东尼奥都想把科比生吞活剥――球迷乃至也打出了“滚蛋吧，*犯”的标语牌，让科比恍然觉得来到了纽约。