后黄药师与世人筹办去华山祭拜洪七公、欧阳锋，恰逢一群庸人争夺天下第一，赶跑他们以后黄药师等人重新建立天下五绝，黄药师仍为“东邪”。
冯衡为了安抚黄药师，决定默写出上卷经籍交给他。但是因为不懂经籍含义，冯衡苦思几日几夜写下了七八千字，终究导致身材衰弱而归天。
黄药师为了寻觅失落的女儿，不吝突破誓词分开桃花岛，踏上了冗长的路程。在太湖归云庄，他不测发明了黄蓉、郭靖，以及为了救杨康而来的梅超风。
第二次华山论剑时，黄药师三百招内仍没法击败郭靖，自认落败。厥后，逆练《九阴真经》的欧阳锋俄然呈现，黄药师运起“弹指神通”，哪知被欧阳锋奇特无伦，一口咬住黄药师的食指。无法之下，连黄药师只得默许他“武功天下第一”。
郭靖因打败了徒弟的门徒而引发了黄药师的气愤。但是，当黄蓉跳入太湖中以性命相胁时，黄药师无法地放弃了进犯郭靖。这一幕揭示了黄药师作为一名父亲和师父的冲突心机，也凸显了他对女儿的深深关爱。
附骨针：伸手在人身上悄悄一拍，那针便深切肉里，紧紧钉在骨骼的枢纽当中。针上喂有毒药，药性倒是渐渐发作，每日六次，按着血脉运转，叫人遍尝诸般难以言传的狠恶苦痛，一时又不得死，要折磨到一两年火线取人道命。
在临安府牛家村，黄药师从沙通天、彭连虎、杨康等人手中救下了陆冠英、程瑶迦和傻姑。固然饶过了他们的性命，但黄药师却逼迫他们从本身胯下钻过，以此教诲他们做人要知耻而后勇。
落英神剑：从落英神剑掌的门路中演变而来，固然不如玉箫剑法精美，但也成为桃花岛的一绝。剑来时青光荡漾，剑花点点，如同落英缤纷四散而下。招式包含“万紫千红”等。
不久，李莫愁以人多势众为由挑衅世人，黄药师并未与她争斗，而是传授了杨过能够禁止李莫愁的武功——“弹指神通”和玉箫剑法后便拜别了。
周伯通得知被骗于黄药师二人，为了制止上卷经籍被盗，他照顾上卷经籍前去黄药师寓所桃花岛催讨。但是此时冯衡已经归天，黄药师又因周伯通的言语相激，与他展开狠恶交兵，终究打断周伯通的双脚，将他困在了桃花岛上长达十五年。
当欧阳克和郭靖争夺黄蓉时，郭靖在“北丐”洪七公和周伯通的帮部下博得了黄蓉的心。这一幕揭示了郭靖的聪明才干和仁义之心，也凸显了黄药师对女儿的心疼。
在蒙古雄师围困襄阳之时，郭襄被金轮法王抓走。黄药师、一灯大师和周伯通三人联手互助郭靖和黄蓉守城。黄药师发挥出奇门法术二十八宿大阵与蒙古雄师对抗。厥后，杨过赶到并击败了金轮法王，射杀了蒙哥，襄阳之围终究得以消弭。
王重阳在临终前，将《九阴真经》高低卷分开藏匿的奥妙交给了他的师弟周伯通。周伯通在运送下卷至藏匿地点的途中，碰到了黄药师和他的新婚老婆冯衡。
在牛家村外的树林中，黄药师得知郭靖本来在蒙古早有婚事，他本欲脱手经验郭靖，但在黄蓉的祈求下，他放弃了这一设法，感慨黄蓉对郭靖已经爱之入骨。随后，他飘但是去，身影消逝在树林深处。
二十八宿大阵：黄药师在察看全真教的天罡北斗阵后，沉思远虑，鉴戒前人的阵法，缔造出了这个二十八宿大阵，企图与全真教的羽士们一较高低。阵法以一百一十三根竹签摆列成寥落的形状，分歧于九宫八卦、梅花五出的工夫，独具特性。