在谈到物质天下事物多样性时，宋应星有一段哲学深思：“天覆地载，物数号万，而事亦因之，曲成而不遗。岂人力也哉?”（《天工开物序》）粗心是说，六合之间，事物以万计，通过各种窜改而构成完美无缺的天下，这恐怕不满是人力所能办到的。此话不假，地球上的生物物种现在估计约有200 万种，在宋应礼拜间里已知植物便有近万种，还不包含无机界的矿物在内，此中绝大多数都是大天然以其固有规律而形成的。但人并不是悲观等候天然界的恩德，还用人力天生数以万计的物，由“天工”与“野生”共同形成了多样性的大千天下。与此同时，我们明天还晓得构成这么多天然物及人造物的根基物质成分即化学元素，只要百种摆布，并且像宋应星所说的，生物与无生物的根基物质成分是一样的。而他的“形万变而不穷”的哲学命题，现在可了解为有限元素原子以其万变无穷的连络体例构成物质天下的多样性。当代物质构造实际还证明一元论物质观是精确的，因为宇宙万物终究都由原子构成。而原子又一分为二：带正电荷的原子核及带负电荷的电子。风趣的是，宋应星的元气也一分为二：水（阴）气及火（阳）气。他的实际当然不能与当代实际同日而语，但在思惟体例与实际情势上还得承认他与古人有某种暗合，只不过当代物质布局实际是建立在科学根本上的更初级生长形状，然当代实际也是从初级阶段慢慢演变到明天如许的。这证明了一条哲学规律：生长是反复以往的阶段，但是在更高根本上的反复，生长是按螺旋式而不是按直线式停止的。
宋应星的哲学思惟，切当地说是天然哲学思惟，起首环绕天然界万物发源及其生长窜改这个总的题目而展开的。这不但是天然哲学并且也是全部哲学的底子题目。环绕这个题目自古以来就有各种分歧的观点，中国当代哲学大抵说来有两大派，每一大派又有两种分歧的思惟流派。第一大派以为万物发源于最原始的物质本原，按天然界固有的规律生长窜改。这一大派中又有一元论及多元论之别：前者主张万物最后本原只要一个，元气论即持这类观点；后者主张万物最原始本原有五个，即水火土金木五种元素，此即多元论的初期五行说。因为这派都夸大物质的第一性，承认万物发源于物质本原，因此属于唯物主义天然观体系。另一大派以为万物发源于精力性的本原“道”或“理”、“心”。先有道、理、心，然后有万物，而万物生长窜改便是道、理、心之表示。这一派虽属一元论，但因其夸大精力的第一性，因此属于唯心主义天然观体系。这一大派中又有两个流派，一派以为理或心以外无物，是主观唯心主义；另一流派以为六合之间有理有物，而理在物先，即客观唯心主义。这一派为了使阴阳五行说为本身办事，将其奇妙地窜改成一元论。
按照宋应星的“二气五行（形）之说”或“形气水火之道”，传统学说中的“五行”的精确摆列挨次该当是：水、火、土、金、本，而不该是任何别的摆列挨次。他的这类摆列与周敦颐的《太极图说》是分歧的，表现了它们五者之间从初级至初级的生长序列。所谓详细含义指无形的水火；所谓笼统含义指构成无形水火的物质要素，不必然能看获得，相称于水素与火质或水气与火气，具有气的属性。只要从“亦形亦气”这层含义了解水火，方合应星之本义。对土金木亦应从这层含义来了解，固然三者比水火更加无形一些。宋应星在阐述水火土金木五者相互干系时指出，此中水火是最根基的，水火二气均高山含于土内（《水火三》）。土与金木比，又较为根基，因金、木均生于土，因此土介于水火与金木之间，而金木中又都含水火。他写道：“土为母，金为子”（《形气五》）、“土为母，石为子”（《形气五》）、“木生土中”（《水火三》）。他又在《水火三》写道：“今夫以土倚（伴随）土不得水，而以金倚土则水生，是金中有水也。以石磨石不得火，而以金击石则火出，是金中有火也。至于木，生于地下、善于空中，二气（水火）附丽此中，铢两分毫无侧重也。取青叶而绞之，水重如许。取枯叶而燃之，火重亦如许也。”（《水火三》）以是木中亦含水火。