1185年10月，后白河法皇号令源义经调集军人讨伐源赖朝，成果无人呼应，反倒让源赖朝抓住了可贵的机遇。他率领雄师攻袭京都，迫使源义经从京都逃至奥州，投奔那边的藤原秀衡。藤原秀衡是以奥州为中间的奥州藤原氏的第三代，时任镇守府将军，他帮忙源义经与源赖朝对抗。
镰仓幕府设有军事办理机构侍所、行政措置机构政以是及专司刑律机构问居处，还设置了京都保护、镇西推行及奥州总推行等职，构成了一套完整的政权构造机构。在武家内部，作为武家首级的幕府将军与“御家人”则以互利的情势结成了主仆干系。“御家人”本以源赖朝起兵调集的东国军人为主，幕府建立后，源赖朝在西国也设置了御家人。