袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其辩论，袁崇焕厉声斥责毛文龙，命令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，毛文龙表示不平，袁崇焕因而列数毛文龙的十二条罪行，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。[32]
重新见用
蒲月，皇太极从朝鲜退兵后，率兵直抵锦州，将其包抄。赵率教与纪用一方面闭城死守，一方面调派使者媾和，想以此迟延时候等候救兵，使者跑了三个来回仍旧没有决定，而后金军的守势越来越猛。袁崇焕以宁远的兵力不能等闲变更，因而让尤世禄、祖大寿带领精锐马队四千绕到雄师前面决斗，另调派水军从东面停止管束，并要求蓟镇等地出兵东护关门。明廷命山海关的满桂移驻前屯，三屯孙祖寿移往山海关，宣府黑云龙移往一片石，蓟辽总督阎鸣泰移到关城，又变更昌平、天津、保定的军队奔赴上关；传檄山西、河南、山东等地的守将整备好兵马听候调遣。[22]
尤世禄刚要整备解缆，后金军又分兵来攻宁远，袁崇焕与刘应坤、毕自肃率将士登上城楼戍守，在濠沟内排布阵营，用炮远间隔轰击。而满桂、尤世禄、祖大寿在城外与后金军搏战，死伤比较多，满桂也中箭负伤。[23]
后金军从宁远撤退后增加锦州的守势，但仍旧没法霸占，并且伤亡惨痛，六月，后金军撤兵，史称“宁锦大捷”。而后金军撤兵时顺道破坏大小凌河二城。[24]
同年蒲月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设席与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有发觉到袁崇焕的来意。袁崇焕发起变动虎帐轨制，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不欢畅，袁崇焕用回籍来打动他，毛文龙说：“我向来有这个意义，但只要我晓得辽东的事件，辽东的事情处理后，朝鲜衰弱，能够攻击占有。”袁崇焕对毛文龙的答复感到不欢畅。[30]
下狱正法
崇祯二年（1629年），驻守宁远的来自于川、湖等地的兵士因为军饷的事而叛变，袁崇焕用计将其安定。而后袁崇焕要求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检死力奖饰祖大寿等三人的才气，并说本身五年复辽的打算端赖这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，本身到司法部分领罪服死。朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。[28]
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以私行与后金军媾和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕极刑，崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟正法，家人被流徙三千里，并抄没产业。
但不久以后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，[35]巡抚王元雅、总兵朱国彦他杀而死。后金军超出蓟州往西，直逼都城，袁崇焕忙率兵保护京师。朱由检召见袁崇焕，犒赏御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途驰驱，怠倦不已，要求入城休整，但遭到回绝。因而袁崇焕驻军城外，与后金军鏖战，互有胜负。[36]袁崇焕令戴承恩在广渠门布阵，祖大寿于南面布阵，王承胤在西北布阵，袁崇焕在西面布阵以备战，中午时候，清马队从东南面打击，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。后金兵力战祖大寿不下，因而撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵停止追击，杀伤后金军千余人，而明军死伤也很多。出兵后，朱由检用酒食犒赏军队。[37]袁崇焕有调派任守忠带领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之威遂解。[38]