袁崇焕杀了毛文龙，怕他的部下策动兵变，以是增加饷钱
不过，毛文龙占居的东江，情势固然足以管束后金，但他本人策画有限，每韶华侈的军饷没法计算，并且只顾征招商贾，发卖禁物，名义上在援助朝鲜，实际上是妄出边塞，没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事，有战役，也很少获得过他的服从。工科给事中潘士闻弹劾毛文龙华侈军饷滥杀俘虏的罪过，尚宝卿董茂忠要求撤了毛文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。兵部会商以为不可。袁崇焕内心对毛文龙不欢畅，曾上书要求派部臣到毛文龙处清理粮饷。毛文龙讨厌有文臣在身边管束，上书辩驳，袁崇焕很不欢畅。比及毛文龙来拜访时，袁崇焕按来宾之礼驱逐他，毛文龙又不谦让，袁崇焕撤除毛文龙的主张更加果断了。
这时候，毛文龙麾下凶悍刁悍的官兵稀有万人，都怕袁崇焕的威风，没有一个敢乱动的。袁崇焕命人用棺材埋了毛文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“明天杀你，是朝廷的法律；明天我祭奠你，是出于同僚、朋友的豪情。”并为他落下了泪。接着分拨毛文龙的兵士二万八千报酬四协，任用毛文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首级。收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。又犒犒军士，传檄安抚各岛群众，全数拔除了毛文龙的苛政。回到镇上今后，把毛文龙一事上书陈述天子，开端说：“毛文龙作为大将，不是我能够私行诛杀的，以是我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年（1624）蒲月。庄烈帝俄然听到这个动静，大吃一惊，但想到毛文龙既已死去，当时又靠着袁崇焕，以是就以赞美的态度下圣旨嘉奖他。不久又传旨公开毛文龙的罪过，用以稳定袁崇焕的心；毛文龙埋伏在都城的虎伥，也号令法司加以搜捕。袁崇焕又上书说：“毛文龙一介匹夫，不守法竟至于这类程度，是因为外洋便于反叛。他的军队连老带幼一起算有四万七千人，遁辞十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，私行设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，如许算来是便利的。”崇祯答复能够。
被杀
袁崇焕斩毛文龙后，可说是为后金长驱南下消弭了后顾之忧，三个月后就产生了后金兵临北都城下的“己巳之变”——后金约十万精兵绕道内蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都北京。
与登抚袁可立
袁崇焕在辽东，和赵率教、祖大寿、何可纲等肯定兵制，垂垂推行到登、莱、天津，比及肯定东江兵制今后，合计四镇兵共十五万三千不足，马匹八万一千不足，每年破钞饷银四百八十余万两，比畴昔减少了一百二十万。[8-9]
袁崇焕就此诘问毛文龙几桩违令的事情，毛文龙做了对抗性的辩白。袁崇焕大声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，毛文龙仍很倔强。袁崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，晓得吗？按我朝祖宗定下来的轨制，大将领兵在外，必须接管文官的监督。你在这边一人□□，军马赋税都不接管查对，一该杀。大臣的罪没有比棍骗君主更大的，你奉上奏章全都蒙骗，殛毙投降的兵士和灾黎，冒充军功，二该杀。大臣没有本身的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给兵士，每月只披发三斗半米，侵犯军粮，四该杀。私行在皮岛开设马市，擅自和本国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随便发给布帛上千匹，走狗、轿夫都穿戴品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫夺商船，本身做了盗贼，七该杀。强娶官方女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。差遣灾黎远远去帮你盗窃人参，不平从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战得胜，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能光复一寸地盘，坐地张望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩首请免他一死。袁崇焕召他的部将来讲：“毛文龙如许的罪行，该不该杀他？”大师都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道毛文龙数年劳苦的，袁崇焕怒斥说：“毛文龙本是一个布衣百姓罢了，官做得最高，百口都得以荫封，充足报他的辛苦了，他如何就如许悖乱违逆呢！”接着就叩首要求天子的旨意说：“我明天杀毛文龙以清算军纪。将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能胜利的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。”因而取下尚方宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来。出来奉告他的将士们说：“只杀毛文龙一小我，其别人都没有罪。”