被称为明末清初五大学者之一的朱舜水插手过“反清复明”的活动，在他的著作《朱舜水集》里，将袁崇焕称为“卖民贼”，[62]明末将领徐石麒也以为，袁崇焕大要上主战，而实际上是想主和，乃至以擒杀毛文龙的体例取信于清廷。[63]清朝学士张廷玉在撰写《明史》时以为袁崇焕杀毛文龙是“妄杀”，计六奇在《明季北略》里以为袁崇焕固然死的冤，但是他列十二条罪行杀毛文龙，如同秦桧以十二道金牌杀岳飞一样。[64]
杀毛文龙
重新见用
但不久以后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，[35]巡抚王元雅、总兵朱国彦他杀而死。后金军超出蓟州往西，直逼都城，袁崇焕忙率兵保护京师。朱由检召见袁崇焕，犒赏御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途驰驱，怠倦不已，要求入城休整，但遭到回绝。因而袁崇焕驻军城外，与后金军鏖战，互有胜负。[36]袁崇焕令戴承恩在广渠门布阵，祖大寿于南面布阵，王承胤在西北布阵，袁崇焕在西面布阵以备战，中午时候，清马队从东南面打击，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。后金兵力战祖大寿不下，因而撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵停止追击，杀伤后金军千余人，而明军死伤也很多。出兵后，朱由检用酒食犒赏军队。[37]袁崇焕有调派任守忠带领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之威遂解。[38]
崇祯二年（1629年），驻守宁远的来自于川、湖等地的兵士因为军饷的事而叛变，袁崇焕用计将其安定。而后袁崇焕要求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检死力奖饰祖大寿等三人的才气，并说本身五年复辽的打算端赖这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，本身到司法部分领罪服死。朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。[28]
己巳之变
清乾隆天子感觉袁崇焕的死值得怜悯，民国初年，梁启超在《袁崇焕传》中对袁崇焕大加赞美，以为他是能影响国度安危、民族兴亡的人。1952年，北京市停止大范围的改革都会扶植时，叶恭绰等联名上□□，要求庇护袁墓，□□在答复中称袁崇焕为“明末爱国魁首”。
下狱正法
而后袁崇焕聘请毛文龙旁观将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。毛文龙到了以后，他的部下没能入内。袁崇焕说：“我凌晨就走，你担负外洋的重托，请受我一拜。”毛文龙回拜以后俩人开端登山。路上袁崇焕问侍从官员的姓名，大多都是姓毛的。毛文龙说：“这些都是我的孙子。”袁崇焕笑着说：“你们在外洋悠长劳累，每月禄米只要一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国度极力。”世人都叩首伸谢。[31]
《剑桥中国明朝史》称：“他（崇祯天子）信赖了谎言，于1630年9月22日在北京杀了他最有才气的将领袁崇焕。”
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以私行与后金军媾和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕极刑，崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟正法，家人被流徙三千里，并抄没产业。