张法顺言于元显曰：“桓谦兄弟每为上流耳目，宜斩之以杜奸谋。且事之济不，系在前军，而牢之反覆，万一有变，则祸败立至。可令牢之杀谦兄弟以示无二心，若不受命，当逆为其所。”元显曰：“今非牢之，无以知玄；且始事而诛大将，情面不安。”再三不成。又以桓氏世为荆土所附，桓冲特有遗惠，而谦，冲之子也，乃自骠骑司马除都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，欲以结西人之心。
张法顺谓元显曰：“桓玄承籍世资，素有豪气，既并殷、扬，专有荆楚，第下之所控引止三吴耳。孙恩为乱，东土涂地，公私困竭，玄必乘此纵其奸凶，窃用忧之。”元显曰：“为之何如？”法顺曰：“玄始得荆州，情面未附。方务绥抚，未暇他图。若乘此际使刘牢之为前锋，而第下以雄师继进，玄可取也。”元显觉得然。会武昌太守庾楷以玄与朝廷成仇，恐事不成，祸及于己，密令人自结于元显，云：“玄大失情面，众不为用，若朝廷遣军，己当为内应。”元显大喜，遣张法顺至京口，谋于刘牢之；牢之以难堪。法顺还，谓元显曰：“观牢之言色，必贰于我，不如召入杀之；不尔，败人大事。”元显不从。因而大治水军，征兵装舰，以谋讨玄。
元兴元年壬寅，公元四零二年春，正月，庚午朔，下诏罪行桓玄，以尚书令元显为骠骑大将军、征讨多数督、都督十八州诸军事，加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，表里戒严；加会稽霸道子太傅。
刘牢之素恶骠骑大将军元显，恐桓玄既灭，元显益娇纵，又恐己功名愈盛，不为元显所容，且自恃材武，拥强兵，欲假玄以除在朝，复伺玄之隙而自取之，故不肯讨玄。元显日夜昏酣，以牢之为前锋。牢之骤诣门，不得见，及帝出饯元显，遇之公坐罢了。
傉檀知吕超必来斫营，畜火以待之。超夜遣中壘将军王集帅精兵二千斫傉檀营，傉檀徐严不起。集入垒中，表里皆举火，光照如昼；纵兵击之，斩集及甲首三百馀级。吕隆惧，伪与檀通好，请于苑内缔盟，傉檀遣俱延入盟，俱延疑其有伏，毁苑墙而入。超伏兵击之，俱延失马步走，凌江将军郭祖力战拒之，俱延乃得免。傉檀怒，攻其昌松太守孟礻韦于显美。隆遣广武将军荀安国、宁远将军石可帅骑五百救之。安国等惮傉檀之强，遁还。
中散骑常侍张融言于利鹿孤曰：“焦朗兄弟据魏安，潜通姚氏，数为反覆，今不取，后必为朝廷忧。”利鹿孤遣傉檀讨之，朗面缚出降，傉檀送于西平，徙其民于乐都。
丁卯，玄至姑孰，使共将冯该等攻历阳，襄城太守司马休之婴城恪守。玄军断洞浦，焚豫州舟舰。豫州刺史谯王尚之帅步兵九千阵于浦上，遣武都太守杨秋屯横江，秋降于玄军。尚之众溃，逃于涂中，玄捕获之。司马休之出战而败，弃城走。