六月，丁巳，太白经天。
蒲月，戊子，虔州胡成郎等杀长史，叛归梁师都；都督刘昮追斩之。
丙午，吐谷浑、党项寇河州。
己未，太白复经天。傅奕密奏：“太白见秦分，秦王当有天下。”上以其状授世民。因而世民密奏建成、元吉淫乱后宫，且曰：“臣于兄弟无涓滴负，今欲杀臣，似为世充、建德报仇。臣今枉死，永违君亲，魂归地下，实耻见诸贼！”上省之，惊诧，报曰：“明当鞫问，汝宜早参。”
庚申，世民帅长孙无忌等入，伏兵于玄武门。张婕妤窃知世民表意，驰语建成。建成召元吉谋之，元吉曰：“宜勒宫府兵，托疾不朝，以观情势。”建成曰：“兵备已严，当与弟入参，自问动静。”乃俱入，趣玄武门。上时已召裴寂、萧瑀、陈叔达等，欲按其事。
秦府僚属皆恐忧不知所出。行台考功郎中房玄龄谓比部郎中长孙无忌曰：“今嫌隙已成，一旦祸机窃发，岂惟府朝涂地，乃实社稷之忧；莫若劝王行周公之事以安家国。存亡之机，间不容发，正在本日！”无忌曰：“吾怀此久矣，不敢发口；今吾子所言，正合吾心，谨当白之。”乃入言世民。世民召玄龄谋之，玄龄曰：“大王功盖六合，当承大业；本日忧危，乃天赞也，愿大王勿疑！”乃与府属杜如晦共劝世民诛建成、元吉。
建成、元吉与后宫日夜谮诉世民于上，上信之，将罪世民。陈叔达谏曰：“秦王有大功于天下，不成黜也。且性刚烈，若加挫抑，恐不堪忧愤，或有不测之疾，陛下悔之何及！”上乃止。元吉密请杀秦王，上曰：“彼有定天下之功，罪行未著，何故为辞！”元吉曰：“秦王初平东都，顾望不还，散钱帛以树私恩，又违敕命，非反而何！但应速杀，何患无辞！”上不该。
上诏百官议其事，唯太仆卿张道源称奕言公道。萧瑀曰：“佛，贤人也，而奕非之；非贤人者没法，当治其罪。”奕曰：“人之大伦，莫如君父。佛以世嫡而叛其父，以匹夫而抗天子。萧瑀不生于空桑，乃遵无父之教。非孝者无亲，瑀之谓矣！”瑀不能对，但合手曰：“天国之设，正为是人！”
上亦恶沙门、羽士苟避征徭，不守戒律，皆如奕言。又寺观毗邻廛邸，稠浊屠沽。辛巳，下诏命有司沙汰天下僧、尼、羽士、女冠，其精勤练行者，搬家大寺观，给其衣食，无令阙乏。庸猥粗秽者，悉令罢道，勒回籍里。京师留寺三所，观二所，诸州各留一所，馀皆罢之。
会突厥郁射设将数万骑屯河南，入塞，围乌城，建成荐元吉代世民督诸军北征；上从之，命元吉督右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等救乌城。元吉请尉迟敬德、程知节、段志玄及秦府右三统军秦叔宝等与之同行，简阅秦王帐下精锐之士以益元吉军。率更丞王晊告密世民曰：“太子语齐王：‘今汝得秦王骁将精兵，拥数万之众，吾与秦王饯汝于昆明池，使懦夫拉杀之于幕下，奏云暴卒，主上宜无不信。吾适时人进说，令授吾国事。敬德等既入汝手，宜悉坑之，孰敢不平！’”世民以哸言告长孙无忌等，无忌等劝世民先事图之。世民叹曰：“骨肉相残，古今大恶。吾诚知祸在朝夕，欲俟其发，然后以义讨之，不亦可乎！”敬德曰：“情面谁不爱其死！今世人以死奉王，乃天授也。祸机垂发，而王犹晏然不觉得忧，大王纵自轻，如宗庙社稷何！大王不消敬德之言，敬德将窜身草泽，不能留居大王摆布，比武受戮也！”无忌曰：“不从敬德之言，事今败矣。敬德等必不为王有，无忌亦当相随而去，不能复事大王矣！”世民曰：“吾所言亦未可全弃，公更图之。”敬德曰：“王今办事有疑，非智也；临难不决，非勇也。且大王素所畜养懦夫八百馀人，在外者今已入宫，擐甲执兵，局势已成，大王安得已乎！”