从各种史料和迹象推断，顺治患天花而归天，这仿佛是最靠近本相的答案。但是令人费解的是顺治得病归天，应当属于普通灭亡。但是清宫档案为甚么对顺治的死因只字未提，讳莫如深，莫非顺治灭亡的背后还埋没着甚么不成告人的奥妙？
别的，手抄本上另有一段关于太师郑芝龙被害黑幕的笔墨，此中再次提到顺治帝死因：太师郑芝龙降清后，多次写信劝儿子郑胜利投降都以失利告终，但顺治并未将他定罪。顺治被炮毙于厦门后，辅臣苏克萨哈与郑芝龙有仇，向康熙建议：“郑胜利能够用炮击死我们的先皇，皇上莫非就不能正法他的父亲吗？”康熙采取了他的定见，即位不久后，郑芝龙就被正法。
另有一种说法是顺治死于郑胜利的炮轰。
顺治十八年（1661年）正月初八，大清帝国第一名入主中原的天子福临告病身亡。不久，有关顺治帝削发的动静就在官方广为传播，归纳颇多，给顺治之死染上奥秘色采，成为迄今仍没法定案的汗青之谜。《清史稿》、《顺治实录》、《清实录》等清官方的史册中，关于顺治之死独一寥寥数字，语焉不详，给人讳莫如深之感。
作为记录顺治天子平生最权威的档案――《清世祖实录》中有一段关于顺治死前的最跋文录。顺治得病是在顺治十八年正月初二。到初六顺治已经是病入膏肓。《清世祖实录》顶用了200多字记录了顺治死前的活动，而描述他的灭亡却独一11个字，时候，地点，除此以外再也找不到任何的线索，这究竟是为甚么呢？不但如此，清朝皇室家谱《玉牒》中也仅仅只是记录了顺治驾崩的时候，对于顺治天子的死因仍然是避而不谈。
有人在顺治朝的翰林院学士王熙的《自撰年谱》，不测的发明了关于顺治死因的线索。书中写道，在王熙应召进入养心殿今后，病榻上的顺治帝对他说，朕得了痘症，恐怕是好不了了。所谓的痘就是天花，顺治天子从得病到驾崩，只要五天的时候。他的病症与天花病极其类似。那么顺治天子会不会就是天花病死去的。
1992年，居住在厦门的郑万龄，在家中清算父亲留下的遗物。郑家是郑胜利的后代，郑万龄的父亲归天后留下很多和先族相干的册本。但是，就在清算的过程中，一本书吸引了郑万龄的重视……郑万龄发明的手抄本叫《延平王叛逆实录》，这本书就是以日记的情势记录了郑胜利的兵马生涯。2004年4月20号，《厦门晚报》的头条消息――顺治被郑胜利毙于厦门，吸引了无数的目光。而这个惊人的动静就是来自《延平王叛逆实录》的一段记录：有人密报郑胜利，高崎之战中，顺治天子在厦门思明港被炮击没，清军将领达素不敢对外公布这个动静。
官方传说，明末清初，郑胜利据岛抗清，顺治天子御驾亲征，来到厦门。郑胜利的军队沿岸与清军苦战。就在这一次的苦战中，顺治天子被郑胜利炮轰而死。港中江鱼因食天子肉而形变，成了无鳔江鱼。现在这个覆盖着浓烈神话色采的传说，在人们的口口相传中已经变得恍惚不清，顺治天子真的死在厦门海战当中了么？
一样让人费解的，是顺治临死之前留下的遗诏。因为在整篇遗诏中，顺治开列了多达十四条的朕之最。为甚么顺治会对本身平生所为如此惭愧自责？如许的自责仿佛很分歧适一代天子分开人间时最后的表情。