清军以步兵由正面越水障强攻，而以马队由两翼迂回，实施侧击。适叛军带火药爆炸，清军乘机猛攻，歼敌万余，叛军崩溃。二十七日，清军至河瓦巴特，叛军数万又据岗阻击。清军当夜派吉林劲骑1000，分两路由摆布间道奥妙迂回至叛军阵后埋伏。次日拂晓，摆设步兵由正面，马队由两翼打击。叛军佯退，诡计诱清军登岗，俟登至半坡时实施合击。清军步兵利用迭射、相互以火力保护逐次接敌，至半坡时，跟从于火器手后、身着皋比彩衣的滕牌兵跃出冲锋，叛军战马吃惊混乱，据岗力战。埋伏于阵后的马队，由背后建议突袭，叛军大败，被歼过半。
嘉庆二十五年，张格尔操纵南疆维吾尔族群众对清参赞大臣静斌残暴压迫的不满情感，于八月间率数百人潜入南疆，煽动本地公众兵变。清领队大臣色普徵额率兵进击，将其全歼，张格尔仅率残部二三十人逃往浩罕。张格尔在浩罕，由英国殖民主义者供应设备，构造练习军队，主动筹办再次进入南疆。道光五年，张格尔叛军屡以小股袭扰边疆，作摸干脆打击。六年六月，张格尔与其英国教官乘机率叛军300人，由开齐山进至喀什噶尔(今喀什)城北约60里之阿尔图什(今阿图什)，以礼拜祖墓为名，煽动本地大众反清。新任喀什噶尔参赞大臣庆祥，命协办大臣舒尔哈善、领队大臣乌凌阿率兵1000人进击。叛军大部被歼，张格尔率百余人突围后，裹胁多量大众兵变。因恐北疆清军来援，竟以出售故国权益为前提向浩罕求兵。七月，浩罕穆罕默德·阿里汗亲率万人入侵南疆，攻打喀什噶尔城。后因与张格尔产生冲突，恐腹背受敌，引兵退走。但有3000人被张格尔诱留，助其攻城。经70余日苦战，清守兵力竭，八月二旬日城破，庆祥他杀。张格尔自称赛亦德·张格尔苏丹，宣布为南疆统治者。英吉沙尔(今英吉沙)、叶尔羌(今莎车)、和阗(今和田)三城，接踵为叛军攻占。张格尔节制南疆后，“残害生灵，淫虐妇女，搜刮财物，其残暴甚于前和卓千倍万倍”，与其入疆之鼓吹完整悖离。泛博维吾尔族群众激烈反对，转而支撑清军。占据叶尔羌之叛军五六千人，打击阿克苏(今属新疆)。阿克苏办事大臣长清，派参将王鸿仪率兵600人阻击，在都尔特(今阿瓦提北)被歼，王鸿仪战死。当叛军进至距阿克苏仅80里处，诡计强渡浑巴什河时，由库车及喀喇沙尔(今焉耆)来援之达凌河、巴哈布两部清军达到。在本地维吾尔族群众自发构造的数百抗叛军队帮部下，击退渡河叛军，并进至南岸立营。叛军多次打击，均被击退，被俘斩千余人。叛军不敢东进，东部局势趋于稳定。道光帝命伊犁将军长龄为扬威将军，署陕甘总督杨遇春、山东巡抚武隆阿为参赞大臣，集结吉林、黑龙江、陕西、甘肃、四川5省兵3万会攻叛军。十月间，陕西等地清军万余达到阿克苏，开端转为守势作战。时叛军3000人扼守阿克苏西南约250里之柯尔坪(今柯坪)，该地西南通巴尔楚克(今巴楚)、喀什噶尔，为清军进军必经之路。长龄派陕西提督杨芳，以突袭攻占该地，翻开了西进的通道。此时，和阗伯克伊敏亦率本地大众2000余人击败叛军，光复和阗。但因大雪封路，清军不能驰援，又为叛军夺占。