大阪陷掉队，日本军人们纷繁云集京都，插手到城戍守军当中，连续到来的日本军人加上本来的京都守军，人数很快超越了十万人。执权北条时宗也亲身到京都批示防备，并刺血明誓，要在京都全歼元军。
北条时宗率残兵退入京都，据城戍守。在击溃日军以后，元军并没有急于攻城，而是追击崩溃的日本军人，将其尽数斩杀，一时候京都城下尸如山积，登城了望敌情的北条时宗见状，惊怒交集，口喷鲜血，晕厥畴昔，后为天皇派来的太医救醒。
此光阴甲士数固然大大超越元军，但是如何批示这些平时互不统属的军人们协同作战，成了摆在镰仓幕府面前的一道困难。而元军没有给幕府处理困难的时候。
日本人不晓得的是，这门大炮并非蒙前人锻造，而是宋朝的工匠锻造的，它有着一个特别的名字：“襄阳神炮”。
在打击宇和的同时，另一支元兵舰队驶入土佐湾，元军登岸后霸占高知城，然后与从宇和前来的元军会师，扫荡日军，七今后，元军胜利占据四国岛全境。
为了防备元军来袭，在幕府的严令下，日本军人们在本地一带构筑了大量称为“元寇防垒”的石垒，并保卫于垒后。元兵舰队达到四国的宇和海岸后，发明了这一环境，先集合战船上的火炮向石垒轰击，因为元军炮火凶悍，石垒多被击破，保卫石垒的日本军人死伤惨痛，看到元军登岸，日本军人军队向元军建议了冲锋，但很快便倒在元军射出的麋集箭雨之下。颠末两天的战役，日本人苦心构筑的“元寇防垒”被元军冲破，守军多数被毁灭，独一少数人幸运逃脱。
忻都起首派人射箭书入京都，谕令日本军民投降，可照大阪例，免于屠城，并保整日本朝廷。北条时宗回绝了，一样令人以箭书射入元营，上书“降者免死”，随后便率雄师出城，直扑元营。
在占据九州以后，这门大炮伴同运送粮草军器的船队来到了日本，但因为其庞大而粗笨，难以挪动，忻都一开端并没有筹算利用它，从占据九州到打击四国岛，它一向都被放在船上，直到京都之战时，看到京都高大坚厚的城墙，忻都才想起了它，命人将其从船上卸下，运往京都火线。
北条时宗所率日本军人军队约五万人，马队约有五千，其他皆为步兵，此次打击一改之前的“一骑讨”作战体例，而是象元军一样的策动了个人冲锋。元军还是先施放火炮轰击日军，继以弩箭，然后以马队策动打击。日军在元军狠恶的炮火轰击下死伤累累，冲近的日本军人也多数给弩箭射成了刺猬，日本军人固然有精美的刀具，但除了一些将拥有好的铠甲防护外，大多数下级军人只要粗陋的铠甲，因此死伤惨痛，五万雄师在元军的进犯下很快崩溃，北条时宗在战役中也被元军炮火击伤，“铁片洞其铠甲，肩臂皆穿”，鲜血将他的铠甲染红，元军马队瞥见其衣甲光鲜，知其为大将，簇拥而来，欲擒获之，千钧一发之际，一名叫竹崎季长的军人策马赶到，将北条时宗拖出了交兵地区，方才免于其被元军擒捉的了局。
元军进入大阪后，忻都兑现了信誉，对城内住民秋毫无犯，征集粮秣物质也都“尽给其值”，被称为“佛兵”。不甘心投降的一些日本军人对元军建议他杀式的进犯，多数被杀，大阪城守草井友长及其部下三十二人败北后退入梵刹内，切腹他杀。