会建康留台，备齐法驾，来迎安帝。何无忌奉帝东还，留刘毅刘道规居守夏口，江陵归荆州刺史司马休之入守，不料桓振再收遗众，又从涢川进袭江陵。司马休之未曾预备，仓促出敌，吃了一个败仗，奔往襄阳。振再入江陵，自称荆州刺史。建威将军刘怀肃，急引军救江陵城，刘毅又遣广武将军唐兴为助，夹攻桓振。振出战沙桥，还靠着一把大刀，回旋飞舞，乱劈晋军。怀肃素知桓振短长，早备着强弓硬箭，与他对敌，兵刃初交，便令军士弯弓迭射，箭如骤雨普通。振众死了一半，逃去一半，当时振亦没法支撑，拍马欲逃，恰好马已中箭，掀倒地上，振亦坠马。怀肃急抢前一步，手起刀落，把振剁作两段。桓氏后起悍将，至此才尽。江陵城当然夺还。
先是，刘毅尝为刘敬宣宁朔参军，时人或称毅为雄杰，独敬宣说他“内宽外忌，夸己轻人，将来得志，必致陵上取祸”如此。毅得闻此言，衔恨甚深。及敬宣因功加赏，擢任江州刺史，毅令人白裕道：“敬宣未预义谋，授为郡守，已属过优，今超任至江州刺史，岂不令人骇愕么？”是即夸己轻人之一斑。裕却未依毅议。敬宣已稍有所闻，自请解聘，乃派遣为宣城内史。毅复与何无忌等，分讨桓氏余党，统统桓亮桓玄等遗孽，一概荡平。荆湘江豫四州，今后清除。有诏命毅都督淮南五郡，无忌都督江东五郡，晋室粗安。惟永安何皇后自巴陵还都后，年已六十有六，累经跋涉，饱受虚惊，便即一病归天，追谥为章皇后。告终何后，笔不渗漏。当时，宫廷虽经丧乱，但大憝已除，民气天然思治，共望升平。唯有一个彭泽令陶潜，系是故大司马陶侃曾孙，表字元亮，一字渊明，独因郡中遣到督邮，县吏谓应束带出迎。潜慨然慨气，谓不能为五斗米折腰，遂于义熙二年，解印去县，归隐栗里，自作《归去来辞》表白高志。厥后诗酒自娱，屡征不起；到了刘宋建国，还去征召，仍然不就，竟得寿终，这也是危邦不居，无道则隐的意义。不没高士。小子有诗赞道：
桓玄无赫赫之功，足以名世，但乘会稽父子之乱政，突入建康，盗取大位，其为舆情之不平也可知。刘裕刘毅何无忌等，奋臂一呼，玄即败溃，始则犹挟安帝为奇货，及一失所挟，即被诛于枚回洲。计其僭位之期，不过半年，其亡也忽，谁曰不宜？论者谓玄挟主而不敢弑主，至桓振复兴，欲弑主矣，而卒为桓谦所阻，是桓氏犹有敬主之心，虽曰为逆，尚可少原。不知彼欲借主以逃死，并非活主以鸣恭，借使玄得在位一二年，安帝宁尚得再平生？惟毛璩起首倡义，不愧为忠，至闻桓振复陷江陵，又率众东下，报主之心，可谓挚矣。乃厥后卒为叛徒所戕，祸及灭门，忠而构难，是亦当与刘越石同一叹惋也。然观于谯纵之速亡，璩亦可无遗恨也乎？
刘裕复命毅为兖州刺史，光复江陵。时益州刺史毛璩，从白帝城引兵解缆，袭破汉中，得诛桓希。桓氏权势日蹙，惟荆襄尚为所据。桓振令桓蔚驻守襄阳，勉强过了残年。一交正月，南阳太守鲁宗之，起兵讨逆，掩入襄阳城。桓蔚走还江陵，刘毅并集各军，再攻马头。桓振挟安帝出屯江津，遣使求割江荆二州，然后归还天子。刘毅不准。振正欲拒战，不防鲁宗之杀入柞溪，击破振将桓楷，进驻纪南。振不得不还防宗之，留桓谦冯该卞范之守住江陵，监督安帝兄弟。谦令冯该堵截豫章口，为刘毅等所击败，再奔石城。毅等直至江陵城下，放火焚门，谦等弃城西遁。惟卞范之迟走一步，被晋军拦住，拿下处斩。随即毁灭余火，麾军入城。卞范之到此才死，总算桓氏的异姓忠臣。桓振到了纪南，杀退鲁宗之军，返救江陵，途中瞥见火起，料知城已被陷，部众崩溃，振无路可归，逃往涢川。安帝再得正位，改元义熙，复下赦诏，惟桓氏仍不得赦。前丰城公桓冲，有功王室，特赦免冲孙胤一人，徙居新安。进刘毅为冠军将军，统统行宫政令，悉归毅主持。授鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军，都督益梁秦凉宁五州军事。璩弟瑾为梁秦二州刺史，瑗为宁州刺史，遣建威将军刘怀肃，追剿桓氏余党，阵斩冯该。桓谦桓蔚桓楷何澹之等，都西奔后秦。