会建康留台，备齐法驾，来迎安帝。何无忌奉帝东还，留刘毅刘道规居守夏口，江陵归荆州刺史司马休之入守，不料桓振再收遗众，又从涢川进袭江陵。司马休之未曾预备，仓促出敌，吃了一个败仗，奔往襄阳。振再入江陵，自称荆州刺史。建威将军刘怀肃，急引军救江陵城，刘毅又遣广武将军唐兴为助，夹攻桓振。振出战沙桥，还靠着一把大刀，回旋飞舞，乱劈晋军。怀肃素知桓振短长，早备着强弓硬箭，与他对敌，兵刃初交，便令军士弯弓迭射，箭如骤雨普通。振众死了一半，逃去一半，当时振亦没法支撑，拍马欲逃，恰好马已中箭，掀倒地上，振亦坠马。怀肃急抢前一步，手起刀落，把振剁作两段。桓氏后起悍将，至此才尽。江陵城当然夺还。
惟益州刺史征西将军毛璩，得了江陵再陷动静，集众三万，东出讨振。使弟瑗出外水，参军谯纵出涪江，偏蜀人不乐远征，多有牢骚，纵将侯晖，与巴西人阳昧联谋，逼纵为主。纵不敢接受，自投水中，又为晖等捞起，再三固请，胁纵登车，往攻秦梁二州刺史毛瑾。瑾在涪城，闻变调兵，一时无从调集，即被侯晖等堕入，把瑾杀死，遂推纵为梁秦二州刺史。毛璩行至略城，才知纵等为乱，仓猝赶还成都。亟使参军王琼，率三千人讨纵，又介弟瑗领兵四千，作为后应。琼至广汉，适值侯晖引众劝止，当由琼麾兵杀去，击毙晖众数十名，晖即引退。琼乘胜急追，瑗亦从后趋进，驰至绵竹，不料谯纵弟明子，奉了兄命，暗设两重伏兵，悄悄待着。琼堕入第一重伏中，尚然未觉，及深切第二重，前后胡哨高文，伏兵齐起，把琼困在垓心，琼冒死抵触，竟不得出。至毛瑗兵到，杀开血路，救琼出国，琼众已十死八九，就是毛瑗麾下，也战死了一半。瑗与琼奔还成都，侯晖谯明子等追至成都城下，日夕攻扑。益州营户李腾，潜开城门，引入外寇，毛璩及瑗，不及回避，均为所戕。侯晖谯明子，遂据住成都，迎纵为主。纵令从弟洪为益州刺史，明子为征东将军，领巴州刺史，使率部众五千，出屯白帝城，因而全蜀大乱，汉中空虚。氐帅仇池公杨盛，得遣兄子杨抚，乘虚袭据汉中，余地多归入谯氏。晋廷方搜捕桓氏余孽，不遑西顾，谯纵得安然为成都王，兼并一隅了。谯纵据蜀，不在十六国之列。且说晋安帝东还建康，留台诸官，诣阙待罪，有诏令一概复职，命琅琊王德文为大司马，武陵王遵为太保，刘裕为侍中，兼车骑将军，都督中外诸军事，领青徐二州刺史。刘毅为左将军，何无忌为右将军，分督扬州豫州诸军事。刘道规为辅国将军，督淮北诸军事。魏咏之为征虏将军，兼吴海内史。余官亦进职有差。惟刘裕固让不受，安帝还道他未足偿愿，优诏慰勉，再加裕录尚书事。裕又表辞，且恳请归藩。安帝复遣百僚敦劝，并亲幸裕第，面加劝谕，裕仍不受命，始终请调任外镇。用心可知。乃改授裕都督荆司梁益宁秦雍凉诸州军事，并前时扬徐等八州，分解十六州都督，驻守京口，裕始拜命而去。已将东晋江山，一大半归诸把握了。
刘毅何无忌刘道规等，接得江陵警耗，方鼓行西进，击破桓谦，又分兵再破桓蔚，兵势大振。无忌欲乘胜直趋江陵，道规谏阻道：“兵法屈伸偶然，不成轻进。诸桓世居西楚，群小皆为极力，振又勇冠全军，难与比武，今且停战养锐，佯为逞强，待他骄怠，不患不堪。”无忌不从，引军直进。桓振果倾众出战。冯该卞范之等，又前后趋集，与无忌交兵灵溪。无忌抵挡不住，前队多死，没何如退保寻阳，与刘毅等上笺请罪。刘裕仍命毅节度诸军，惟夺去青州刺史官职。毅整署兵甲，补葺船械，再图西进。刘敬宣豫储粮食，拨给各军，以是无忌等固然败退，不致大挫。疗养数日，复从寻阳解缆，前去复口。桓振遣冯该守东岸，孟山图据鲁山城，桓仙客守偃月垒。总计万人，水陆互援。刘毅攻孟山图，道规攻偃月垒，无忌遏住中流，抵抗冯该，自辰至午，晋军大胜，擒住山图仙客，独冯该走往石城。毅等进拔巴陵，军令严整，不准侵掠，百姓安堵如常。