1639年（明崇祯十二年，清崇德四年）农历仲春，皇太极再次打击明朝，以武英郡王阿济格为前锋，亲身督军包抄松山。明朝崇祯帝下召号令祖大寿前去援助松山，祖大寿方才行军，清军就到了，因而祖大寿去宁远驻守。
光复永平
1630年（崇祯三年）春，后金军霸占明朝永划一四城，皇太极传闻祖大寿的族人居住在永平三十里村，就号令军队去抓人，获得祖大寿一个侄子及其亲戚家眷。皇太极给祖大寿侄子一所室第，并派兵监督。
蔡东藩：”献城卖国卖友。“[16]
皇太极打锦州、宁远不下，便窜改了计谋，于1629年（崇祯二年）农历十月率十万雄师从蒙古方向攻入长城，一向打到北都城下。当时，明朝军队主力都在山海关外布守，袁崇焕急率祖大寿驰援北都城，并在广渠门外与皇太极展开苦战。孤军深切的皇太极怕袁崇焕与北都城表里合击，不得不撤兵而走，清人烧毁明朝的大量原始记录，为神化本身编造谎言说临走时布下所谓反间计。崇祯天子将袁崇焕下狱问罪，祖大寿既寒心又气愤，率部东走，崇祯天子无法之下让袁崇焕写信招回祖大寿，孙承宗也遣使安抚，请祖大寿建功赎袁崇焕之罪，祖大寿便又回到了关内。[8]
祖大寿被授予汉军正黄旗总兵的职位。塔山、杏山也接踵落入清军之手。山海关外，仅存宁远一座孤城。祖大寿的外甥吴三桂既是明军事重镇宁远总兵，又是辽东提督，率领关外明军。皇太极让祖大寿写信招降吴三桂，吴三桂复书回绝。[2]
1631年（崇祯四年）农历十月初七，皇太极再次致书祖大寿，又派降将姜新赴城中面谈。祖大寿派出一名叫韩栋的将领到金营中构和。农历十月二十五日，祖大寿最后下了决计，他邀后金将领石廷柱进城商讨降金事件，当晚祖可法、祖泽润、刘天禄、张存仁等四人随石廷柱一同到了金兵大营，皇太极亲身驱逐，四人跪倒便拜。皇太极仓猝上前一步搀扶，以女真人最崇高的礼节抱腰礼相见。然后设盛宴接待，四人被请至座中。
皇太极：“能久守者，读书明理之效。”[12]
皇太极调派使者去锦州奉告祖大寿的老婆，叫她以短长引诱祖大寿投降。祖大寿选蒙古、汉族兵各三百，号令祖克勇及副将杨震、徐昌永等取道边外进取锦州，到乌欣河口；清军将领阿尔萨兰以满、蒙兵一百六十人与明军交兵，清军胜，斩明军八十四人，得马一百五十匹。
后金方面，皇太极三番五次派密使前来，提示祖大寿不要健忘之前的商定，马上脱手夺下锦州城。祖大寿以各种来由敷衍，并且多次与清兵苦战。皇太极对留在后金虎帐中的祖大寿之子祖可法等人，一向以礼相待，并且频繁给祖大寿写信。
1642年（明崇祯十五年，清崇德七年）农历三月初，被围困了整整一年的锦州粮绝援尽，城中杀人相食的惨状再度重演。因而祖大寿在三月初八亲率部众开城出降。
祖大寿却始终没有露面。[2][10-11]
1644年（清顺治元年）农历玄月，爱新觉罗·福临在辅政大臣济尔哈朗的护送下，从盛京（今辽宁沈阳）到达北京，祖大寿跟从入关。
梁启超：“祖氏兄弟，大寿、大弼、大乐以督师裨将，遵其方略，犹能为睢阳之守着岁余，非洪承畴之降，锦州固未易下也。”[15]