闰月，戊申，进赵、齐、鲁三公爵皆为王。
夏，四月，甲戌，车驾还宫。
马援缘海而进，随山刊道千馀里，至浪泊上，与征侧等战，大破之，追至禁豨，贼遂散走。
十仲春，庚午，以关内侯戴涉为大司徒。卢芳自匈奴复入居高柳。是岁，骠骑大将军杜茂坐使军吏杀人，免。使扬武将军马成代茂，缮治障塞，十里一候，以备匈奴。使骑都尉张堪领杜茂营，击破匈奴于高柳。拜堪渔阳太守。堪视事八年，匈奴不敢犯塞，劝民耕稼，乃至殷富。百姓歌曰：“桑无附枝，麦穗两歧。张君为政，乐不成支！”
三月，辛丑晦，日有食之。秋，玄月，河南尹张伋及诸郡守十馀人皆坐度田不实，下狱死。后上安闲谓虎贲中郎将马援曰：“吾甚恨前杀守、相多也！”对曰：“死得其罪，何多之有！但死者既往，不成复活也！”上大笑。
建武十六年庚子，公元四零年春，仲春，征侧与其妹征贰反，九真、日南、合浦蛮俚皆应之，凡略六十五城，自主为王，都麊泠。交趾刺史及诸太守仅得自守。
甲申，帝幸章陵，修园庙，祠旧宅，观田庐，置酒作乐，犒赏。时宗室诸母因酣悦相与语曰：“文叔少时谨信，与人不款曲，唯直柔耳，今乃能如此！”帝闻之，大笑曰：“吾治天下，亦欲以柔道行之。”十仲春，还自章陵。
夏，四月，乙卯，上行幸章陵；蒲月，乙卯，还宫。六月，癸巳，临淮怀公衡薨。
郡国群盗到处并起，郡县催讨，到则闭幕，去复屯结，青、徐、幽、冀四州尤甚。冬，十月，遣使者下郡国，听群盗自相纠擿，五人共斩一人者，除其罪；吏虽逗留躲避故纵者，皆勿问，听以禽讨为效。其牧守令长坐界内有盗贼而不收捕者，又以畏忄聏捐城委守者，皆不觉得负，但取获贼多少为殿最，唯蔽匿者乃罪之。因而更相追捕，贼并闭幕，徙其魁帅于它郡，赋田受禀，使安生业。自是牛马放牧不收，邑门不闭。
卢芳入朝，南及昌平，有诏止，令更朝明岁。
甲寅，上行幸长安；三月，幸蒲坂，祠后土。
蒲月，旱。
帝以天下垦田多不以实自占，又户口、年纪互有增减，乃诏下州郡检点。因而刺史、太守多为诈巧，苟以度田为名，聚民田中，并度庐屋、里落，民遮道啼呼；或优饶豪右，侵刻赢弱。时诸郡各遣使奏事，帝见陈留吏牍上有书，视之云：“颍川、弘农可问，河南、南阳不成问。”帝诘吏由趣，吏不肯服，抵言“于长奉街上得之”，帝怒。时东海公阳年十二，在幄后言曰：“吏受郡敕，当欲以垦田相方耳。”帝曰：“即如此，何故言河南、南阳不成问？”对曰：“河南帝城，多近臣；南阳帝乡，多远亲；田宅逾制，不成为准。”帝令虎贲将诘问吏，吏乃实首服，如东海公对。上由是益奇爱阳。遣谒者考实二千石长吏阿枉不平者。
马援进击征侧馀党都阳等，至居风，降之；峤南悉平。援与越人申明旧制以束缚之，自后骆越推行马将军故事。
五宫中郎将线纯与太仆朱浮奏议：“礼，为人子，事大宗，降其私亲。当除今亲庙四，以先帝四庙代之。”大司徒涉等奏“立元、成、哀、平四庙。”上自以昭穆次第，当为元帝后。
匈奴、鲜卑、赤山乌桓数连兵入塞，杀略吏民；诏拜襄贲令祭肜为辽东太守。肜有勇力，虏每犯塞，常为士卒锋，数破走之。肜，遵之从弟也。