玄时虽遣军拒裕，而走意已决，潜使领军将军殷仲文具舟于石头；闻谦等败，帅亲信数千人，声言赴战，遂将其子昻，兄子浚出南掖门。遇前相国参军胡藩，执马鞚谏曰：“今羽林弓手犹有八百，皆是义战，西人受累世之恩，不驱令一战，一旦舍此，欲安之乎！”玄不对，但举策指天，因鞭马而走，西趋石头，与仲文等浮江南走。经日不食，摆布进粗饭，玄咽不能下，昻抱其胸而抚之，玄悲不自胜。
刘敬宣、高雅之结青州大姓及鲜卑豪帅，行刺南燕主备德，推司马休之为主。备德以刘轨为司空，甚宠任之。雅之欲邀轨同谋，敬宣曰：“刘公朽迈，有安齐之志，不成告也。”雅之卒告之，轨不从。谋颇泄，敬宣等南走，南燕人收轨，杀之，追及雅之，又杀之。敬宣、休之至淮、泗间，闻桓玄败，遂来归，刘裕以敬宣为晋陵太守。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕于顿时抱方回与仲德对哭。追赠元德给事中，以仲德为中军参军。裕止桓谦故营，遣刘钟据东府。庚申，裕屯石头城，立留台百官，焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，纳于太庙。遣诸将追玄，尚书王嘏帅百官奉迎乘舆，诛玄宗族在建康者。裕使臧熹入宫，收图书、器物，封闭府库；有金饰乐器，裕问熹：“卿得无欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，劬劳王家，虽复不肖，实无情于乐。”裕笑曰：“聊以戏卿耳。”熹，焘之弟也。
玄闻二将死，大惧，召诸道术人推算及为厌胜。问群臣曰：“朕其败乎？”吏部郎曹靖之对曰：“民怨神怒，臣实惧焉。”玄曰：“民或可怨，神何为怒？”对曰：“晋氏宗庙，流散江滨，大楚之祭，上不及祖，此其以是怒也。”玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上君子皆觉得尧、舜之世，臣何敢言！”玄沉默。使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中、后将军卞范之屯覆舟山西，众合二万。
南燕主备德闻桓玄败，命北地王钟等将兵欲取江南，会备德有疾而止。
萧方等曰：夫蛟龙暗藏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安能够布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，醻恩抱怨，何其狭哉！
夏，四月，己丑，武陵王遵入居东宫，表里毕敬；迁除百官称制书，教称令书。以司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
南凉王傉檀畏秦之强，乃客岁号，罢尚书丞郎官，遣参军关尚使于秦。秦王兴曰：“车骑献款称藩，而擅发兵造大城，岂为臣之道乎？”尚曰：“王公设险以守其国，先王之制也。车骑僻在遐藩，密迩勍寇，盖为国度重门之防，不图陛下忽觉得嫌。”兴善之。傉檀求领凉州，兴不准。
初，王谧为玄佐命元臣，玄之受禅，谧手解帝玺绶；乃玄败，众谓谧宜诛，刘裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶地点。谧内不自安，逃奔曲阿。裕笺白武陵王，迎还复位。
桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。
玄移还上宫，召侍官皆入止省中；加扬州刺史新安王桓谦征讨都督，以殷仲文代桓修为徐、兖二州刺史。谦等请亟遣兵击裕，玄曰：“彼兵锐甚，计出万死，如有蹉跌，则彼气成而吾事去矣；不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所得，锐气已挫，忽见雄师，必惊诧；我按兵坚阵，勿与比武，彼求战不得，天然散走，此策之上也。”谦等固请击之，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷接踵北上。玄恐忧特甚。或谓：“裕等乌合微小，必将无成，陛下何虑之深！”玄曰：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅；共举大事，何谓无成！”