壬戌，玄司徒王谧与众议推裕领扬州，裕固辞，乃以谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，谧推裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
己未，裕军食毕，悉弃其馀粮，进至覆舟山东，使孱羸登山，张旗号为疑兵，数道并前，充满山谷。玄侦候者还，云“裕军四塞，不知多少。”玄益忧恐，遣武卫将军庾赜之帅精卒副援诸军。谦等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有斗志。裕与刘毅平分为数队，进突谦陈；裕以身先之，将士皆决死战，无不一当百，呼声动六合。时东北风急，因放火焚之，烟炎慻天，鼓噪之音震惊京邑，谦等诸军大溃。
夏，四月，己丑，武陵王遵入居东宫，表里毕敬；迁除百官称制书，教称令书。以司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅，桓玄挟帝至江陵，桓石康纳之。玄更署置百官，以卞范之为尚书仆射。自以奔败以后，恐威令不可，乃更增峻科罚，众益离怨。殷仲文谏，玄怒曰：“今以诸将失律，天文倒霉，故还都旧楚；而群小纷繁，妄兴贰言！方当纠之以猛，未可施之以宽也。”荆、江诸郡闻玄播越，有上表奔问起居者，玄皆不受，更令地点贺迁新都。
玄移还上宫，召侍官皆入止省中；加扬州刺史新安王桓谦征讨都督，以殷仲文代桓修为徐、兖二州刺史。谦等请亟遣兵击裕，玄曰：“彼兵锐甚，计出万死，如有蹉跌，则彼气成而吾事去矣；不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所得，锐气已挫，忽见雄师，必惊诧；我按兵坚阵，勿与比武，彼求战不得，天然散走，此策之上也。”谦等固请击之，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷接踵北上。玄恐忧特甚。或谓：“裕等乌合微小，必将无成，陛下何虑之深！”玄曰：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅；共举大事，何谓无成！”
玄闻二将死，大惧，召诸道术人推算及为厌胜。问群臣曰：“朕其败乎？”吏部郎曹靖之对曰：“民怨神怒，臣实惧焉。”玄曰：“民或可怨，神何为怒？”对曰：“晋氏宗庙，流散江滨，大楚之祭，上不及祖，此其以是怒也。”玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上君子皆觉得尧、舜之世，臣何敢言！”玄沉默。使桓谦及游击将军何澹之屯东陵，侍中、后将军卞范之屯覆舟山西，众合二万。
初，王谧为玄佐命元臣，玄之受禅，谧手解帝玺绶；乃玄败，众谓谧宜诛，刘裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶地点。谧内不自安，逃奔曲阿。裕笺白武陵王，迎还复位。
萧方等曰：夫蛟龙暗藏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安能够布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，醻恩抱怨，何其狭哉！
初，诸葛长民至豫州，负约，不得发。刁逵执长民，槛车送桓玄。至当利而玄败，送人共破槛出长民，还趣历阳。逵弃城走，为其下所执，斩于石头，子侄无少长皆死，唯赦其季弟给事中骋。逵故吏匿其弟子雍送洛阳，秦王兴觉得太子中庶子。裕以魏咏之为豫州刺史，镇历阳，诸葛长民为宣城内史。