乙丑，卢循至淮口，中外戒严。琅邪王德文都督宫城诸军事，屯中堂皇，刘裕屯石头，诸将各有屯守。裕子义隆始四岁，裕使咨议参军刘粹辅之，镇京口。粹，毅之族弟也。
刘毅固求催讨卢循，长史王诞密言于刘裕曰：“毅既丧败，不宜复使建功。”裕从之。冬，十月，裕帅兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等南击卢循，以刘毅监太尉留府，后事皆委焉。癸巳，裕发建康。
乙丑，魏主嗣还平城。
刘裕军雷池，卢循扬声不攻雷池，当乘流径下。裕知其欲战，十仲春，己卯，进军大雷。庚辰，卢循、徐道覆帅众数万塞江而下，前后莫见舳舻之际。裕悉出轻舰，帅众军齐力击之；又分步骑屯于西岸，岸上军投火焚之，烟炎涨天。循兵大败，走还寻阳；将趣豫章。乃悉力栅断左里。丙申，裕军至左里，不得进。裕麾兵将战，所执麾竿折，幡沉于水，众并怪惧。裕笑曰：“往年覆舟之战，幡竿亦折，今者复然，贼必破矣。”即攻栅而进。循兵虽决死战，弗能禁。循单舸走，所杀及投水死者凡万馀人。纳其降附，宥其逼略，遣刘藩、孟怀玉轻军追之。循收散卒，另稀有千人，径还番禺；道覆走保始兴。裕板建威将军褚裕之行广州刺史。裕之，裒之曾孙也。裕还建康。刘毅恶刘穆之，每安闲与裕言穆之权太重，裕益亲任之。
西秦王乾归攻秦略阳、南安、陇西诸郡，皆克之，徙民二万五千户于苑川及枹罕。
刘毅经涉蛮、晋，仅能自免，从者饥疲，灭亡什七八。丙寅，至建康，待罪。裕慰勉之，使知中外留事。毅乞自贬，诏降为后将军。
甲寅，葬魏主珪于盛乐金陵，谥曰宣武，庙号烈祖。
裕见民临水望贼，怪之，以问参军张劭，劭曰：“若节钺未反，民奔散之不暇，亦何能张望？今当无复恐耳。贼若于新亭直进，其锋不成当，宜且躲避，胜负之事未可量也；若回泊西岸，此成禽耳。”
癸丑，益州刺史鲍陋卒。谯道福陷巴东，杀守将温祚、时延祖。
徐道覆帅众三万趣江陵，奄至破冢。时鲁宗之已还襄阳，追召不及，情面大震。或传循已平京邑，遣道覆来为刺史，江、汉士民感刘道规焚书之恩，无复贰志。道规使刘遵别为游军，自拒道覆豫章口，前驱得胜；遵自外横击，大破之，斩首万馀级，赴水死者殆尽。道覆单舸走还湓口。初，道规使遵为游军，众咸觉得劲敌在胶，唯患众少，不该豆割见力，置无用之地。及破道覆，卒得游军之力，众心乃服。
司马国璠及弟叔璠、叔道奔秦。秦王兴曰：“刘裕方诛桓玄，辅晋室，卿何为来？”对曰：“裕减弱王室，臣宗族有自修立者，裕辄除之。方为国患，甚于桓玄耳。”兴以国璠为扬州刺史，叔道为交州刺史。
卢循兵守广州者不以海道为虞。庚戌，孙处乘海奄至，会大雾，四周攻之，本日拔其城。外抚其旧民，戮循亲党，勒兵谨守，分遣沈田子等击岭表诸郡。
六月，以刘裕为太尉、中书监、加黄钺；裕受黄钺，馀固辞。