仲春，戊寅，咸安大长公主薨于回鹘。三月，回鹘腾里可汗卒。
冬，十月，己未，诏征锜为左仆射，以御史大夫李元素为镇海节度使。庚申，锜表言军变，杀留后、大将。先是，锜选腹心五报酬所部五州镇将，姚志安处姑苏，李深处常州，赵惟忠处湖州，丘自昌处杭州，高肃处睦州，各有兵数千，伺察刺史动静。至是，锜各使杀其刺史，遣牙将庚伯良将兵三千治石头城。常州刺史颜防用客李云计，矫制称招讨副使，斩李深，传檄苏、杭、湖、睦。请同进讨。湖州刺史辛秘潜募乡闾后辈数百，夜袭赵惟忠营，斩之。姑苏刺史李素为姚志安所败，生致于锜，具桎梏钉于船舷，未及京口，会锜败，得免。乙丑，制削李锜官爵及属籍。以淮南节度使王锷统诸道兵为招讨措置使，征宣武、义宁、武昌兵并淮南、宣歙兵俱出宣州，江西兵出信州，浙东兵出杭州，以讨之。
他日，上召李绛对于浴堂，语之曰：“事有极异者，朕比不欲言之。朕与郑纟因议敕从史归上党，续征入朝。纟因乃泄之于从史，使称上党乏粮，就食山东。为人臣负朕乃尔，将何故处之？”对曰：“审如此，灭族有馀矣！然纟因、从史必不自言，陛下谁从得之？”上曰：“吉甫密奏。”绛曰：“臣窃闻搢绅之论，称纟因为佳士，恐必不然。或者同列欲专朝政，疾宠忌前，愿陛下更熟察之，勿令人谓陛下信谗也！”上很久曰：“固然，纟因必不至此。非卿言，朕几误处罚。”上又尝安闲问绛曰：“谏官多谤讪朝政，皆无究竟，朕欲谪其尤者一二人以儆其馀，何如？”对曰：“此殆非陛下之意，必有邪臣欲壅蔽陛下之聪明者。人臣死生，系人主喜怒，敢发口谏者有几！就有谏者皆昼度夜思，朝删暮减，比得上达，什无二三。故交主孜孜求谏，犹惧不至，况罪之乎！如此，杜天下之口，非社稷之福也。”上善其言而止。
李锜以宣州敷裕，欲先取之，遣兵马使张子良、李奉仙、田少卿将兵三千袭之。三人知锜必败，与牙将裴行立同谋讨之。行立，锜之甥也，故悉知锜之暗害。三将营于城外，将发，召士卒谕之曰：“仆射反逆，官军四集，常、湖二将继死，其势已蹙。今乃欲使吾辈远取宣城，吾辈何为随之族灭！岂若去逆效顺，转祸为福乎！”众悦，承诺，即夜，还趋城。行立举火鼓噪，应之于内，引兵趋牙门。锜闻子良等举兵，怒，闻行立应之，抚膺曰：“吾何望矣！”跣走，匿楼下。亲将李钧引挽强三百趋山亭，欲战，行立伏兵邀斩之。锜举家皆哭，摆布执锜，裹之以幕，缒于城下，械送京师。挽强、蕃落争他杀，尸相枕藉。癸酉，本军以闻。乙亥，群臣贺于紫宸殿。上愀然曰：“朕之不德，致宇内数有干纪者，朕之愧也，何贺之为！”
元和三年戊子，公元八零八年春，正月，癸巳，群臣上尊号曰睿圣文武天子；赦天下。“自今长吏诣阙，无得进奉。”知枢密刘光琦奏分遣中使赍赦诣诸道，意欲分其馈遗，翰林学士裴垍、李绛奏“敕使所至滋扰，不若但附急递。”上从之。光琦称旧例，上曰：“例是则从之，苟为非是，何如不改！”
夏、蜀既平，藩镇惕息，多求入朝。镇海节度使李锜亦不自安，求入朝，上许之。遣中使至京口慰抚，且劳其将士。锜虽署判官王澹为留后，实无行意，屡迁行期，澹与敕使数劝谕之。锜不悦，上表称疾，请至岁暮入朝。上以问宰相，武元衡曰：“陛下初即政，锜求朝得朝，求止得止，可否在锜，将何故令四海！”上觉得然，下诏征之。锜诈穷，遂谋反。王澹既掌留务，于军府很有制置，锜益不平，密谕亲兵使杀之。会颁冬服，锜严兵坐幄中，澹与敕使入谒，有军士数百噪于庭曰：“王澹何人，擅主军务！”曳下，脔食之；大将赵琦出慰止，又脔食之；注刃于敕使之颈，诟詈，将杀之。锜阳惊，起救之。