夏、蜀既平，藩镇惕息，多求入朝。镇海节度使李锜亦不自安，求入朝，上许之。遣中使至京口慰抚，且劳其将士。锜虽署判官王澹为留后，实无行意，屡迁行期，澹与敕使数劝谕之。锜不悦，上表称疾，请至岁暮入朝。上以问宰相，武元衡曰：“陛下初即政，锜求朝得朝，求止得止，可否在锜，将何故令四海！”上觉得然，下诏征之。锜诈穷，遂谋反。王澹既掌留务，于军府很有制置，锜益不平，密谕亲兵使杀之。会颁冬服，锜严兵坐幄中，澹与敕使入谒，有军士数百噪于庭曰：“王澹何人，擅主军务！”曳下，脔食之；大将赵琦出慰止，又脔食之；注刃于敕使之颈，诟詈，将杀之。锜阳惊，起救之。
元和三年戊子，公元八零八年春，正月，癸巳，群臣上尊号曰睿圣文武天子；赦天下。“自今长吏诣阙，无得进奉。”知枢密刘光琦奏分遣中使赍赦诣诸道，意欲分其馈遗，翰林学士裴垍、李绛奏“敕使所至滋扰，不若但附急递。”上从之。光琦称旧例，上曰：“例是则从之，苟为非是，何如不改！”
有司籍锜家财输京师。翰林学士裴垍、李绛上言，觉得：“李锜僣侈，割剥六州之人以富其家，或枉杀其身而取其财。陛下闵百姓无告，故讨而诛之，今辇金帛以输上京，恐远近绝望。愿以逆人资财赐浙西百姓，代本年租赋。”上嘉叹久之，即从其言。
昭义节度使卢从史，内与王士真、刘济潜通，而外献策请图山东，擅引兵东出。上召令还上党，从史饰辞就食邢、洺，不时奉诏。久之，乃还。
临泾镇将郝泚以临泾地险要，水草美，吐蕃将犯境，必屯其地，言于泾原节度使段祐，奏而城之，自是泾原获安。
仲春，戊寅，咸安大长公主薨于回鹘。三月，回鹘腾里可汗卒。
山南东道节度使于頴惮上英威，为子季友求尚主。上以皇女普宁公主妻之。翰林学士李谏曰：“頴，虏族，季友，庶孽，不敷以辱帝女，宜更择高门美才。”上曰：“此非卿所知。”己卯，公主适季友，恩礼甚盛。頴出望外，大喜。顷之，上令人讽之入朝谢恩，頴遂奉诏。
冬，十月，己未，诏征锜为左仆射，以御史大夫李元素为镇海节度使。庚申，锜表言军变，杀留后、大将。先是，锜选腹心五报酬所部五州镇将，姚志安处姑苏，李深处常州，赵惟忠处湖州，丘自昌处杭州，高肃处睦州，各有兵数千，伺察刺史动静。至是，锜各使杀其刺史，遣牙将庚伯良将兵三千治石头城。常州刺史颜防用客李云计，矫制称招讨副使，斩李深，传檄苏、杭、湖、睦。请同进讨。湖州刺史辛秘潜募乡闾后辈数百，夜袭赵惟忠营，斩之。姑苏刺史李素为姚志安所败，生致于锜，具桎梏钉于船舷，未及京口，会锜败，得免。乙丑，制削李锜官爵及属籍。以淮南节度使王锷统诸道兵为招讨措置使，征宣武、义宁、武昌兵并淮南、宣歙兵俱出宣州，江西兵出信州，浙东兵出杭州，以讨之。
丙寅，以高崇文同平章事，充邠宁节度、京西诸军都统。
十仲春，丙辰，上谓宰相曰：太宗以崇高之资，群臣进谏者犹来去数四，况朕寡昧，自今事有违，卿当十论，无但一二罢了。