仲春，己酉，车驾幸修武。
庚辰，悉封诸功臣为列侯；梁侯邓禹、广平侯吴汉皆食四县。博士丁恭议曰：“古者封诸侯不过百里，强干弱枝，所觉得治也。今封四县，分歧法制。”帝曰：“古之亡国皆以无道，何尝闻功臣地多而灭亡者也。”阴乡侯阴识，朱紫之兄也，以军功当增封，识叩首让曰：“天下初定，将帅有功者众，臣托属掖廷，仍加爵邑，不成以示天下。此为亲戚受赏，国人计功也。”帝从之。帝令诸将各言所乐，皆占美县；河南太守颍川丁綿独求封本乡。或问其故，綿曰：“綿能薄功微，得乡亭厚矣！”帝从其志，封新安乡侯。帝使郎中魏郡冯勤典诸侯封事，勤差量功次轻重，国土远近，阵势丰薄，不相超越，莫不厌服焉。帝觉得能，尚书众事皆令总录之。故事：尚书郎以令史久次补之，帝始用孝廉为尚书郎。
帝遣宗正刘延攻天井关，与田邑连战十馀合，延不得进。及更始败，邑遣使请降；即拜为上党太守。帝又遣谏议大夫储大伯持节征鲍永；永未知更始存亡，疑不肯从，收系大伯，遣使驰至长安，诇问真假。
腊日，赤眉设乐大会，酒未行，群臣更相辩斗；而兵众遂各逾宫，斩关入，掠酒肉，相互杀伤。卫尉诸葛穉闻之，勒兵入，格杀百馀人，乃定。刘盆子惶恐，日夜啼泣，从官皆怜之。
真定王杨造谶记曰：“赤九以后，癭杨为主。”杨病癭，欲以惑众；与绵曼贼交通。帝遣骑都尉陈副、游击将军邓隆征之，杨闭城门不内。帝复遣前将军耿纯持节行幽、冀，所过劳慰王、侯，密敕收杨。纯至真定，止传舍，邀杨相见。纯，真定宗室之出也，故杨不觉得疑，且自恃众强，而纯意温馨，即从官属诣之；杨兄弟并将轻兵在门外。杨入，见纯，纯接以礼敬，因延请其兄弟皆入，乃闭阁，悉诛之，因勒兵而出。真定慑伏，无敢动者。帝怜杨谋未发而诛，复封其子为真定王。
帝以关中不决，而邓禹久不进兵，赐书责之曰：“司徒，尧也；亡贼，桀也。长安吏民遑遑无所依归，宜以时进讨，镇慰西京，系百姓之心。”禹犹执前意，别攻上郡诸县，更征兵引谷，归至大抵。积弩将军冯愔、车骑将军宗歆守栒邑，二人争权相攻，愔遂杀歆，因反击禹，禹遣使以闻。帝问令人：“愔所敬爱为谁？”对曰：“护军黄防。”帝度愔、防不能久和，必将相忤，因报禹曰：“缚冯愔者，必黄防也。”乃遣尚书宗广持节往降之。后月馀，防果执愔，将其众归咎。更始诸将王匡、胡殷、成丹等皆诣广降，广与东归；至安邑，道欲亡，广悉斩之。愔之叛也，引兵西向天水；隗嚣逆击，破之于高平，尽获其辎重。因而禹承制遣使持节命嚣为西州大将军，得独裁凉州、朔方事。
鲍永、冯衍审知更始已亡，乃发丧，出储大伯等，封上印绶，悉罢兵，幅巾诣河内，帝见永，问曰：“卿众安在？”永离席叩首曰：“臣事更始，不能令全，诚惭以其众幸繁华，故悉罢之。”帝曰：“卿言大。”而意不悦。既而永以建功见用，衍遂烧毁。永谓衍曰：“昔高祖赏季布之罪，诛丁固之功；今遭明主，亦何忧哉！”衍曰：“人有挑其邻居之妻者，其父老骂而少者报之。后其夫死，取其父老。或谓之曰：‘夫非骂尔者邪？’曰：‘在人欲其报我，在我欲其骂人也！’夫天命难知，人道易守，守道之臣，何患灭亡！”